La formazione dell’alveo dell’Alcantara risale a circa 300.000 anni fa, tuttavia l’attuale aspetto del fiume nel tratto delle Gole risale alle colate verificatesi negli ultimi 8.000 anni. La presenza del Monte Moio ha portato in un primo tempo ad attribuire la formazione delle Gole a questo conetto secondario.

Studi recenti portano a distinguere invece tre colate laviche provenienti da bocche apertesi nell’area di Monte Dolce, nel medio-basso versante etneo, che si sono sovrapposte e che sono tuttora visibili lungo la parete in sponda sinistra del fiume; la più antica è quella che ha raggiunto il Mar Ionio all’altezza di Capo Schisò (Giardini Naxos), mentre la più recente è quella che ha formato i basalti colonnari delle Gole; la presenza dell’acqua del fiume e la relativa percolazione all’interno della massa magmatica ha causato un raffreddamento più veloce dando origine a profonde fratture irregolari (alcune perfino caotiche) le quali, intersecandosi, formano strutture prismatiche di varia configurazione: a catasta di legna” (disposte orizzontalmente), ad “arpa” (leggermente arcuate), a “rosetta” (andamento radiale). Le formazioni più regolari sono quelle verticali, a “canna d’organo”, e possono raggiungere anche i 30 metri.